チャブーンです。
この件ですが、AWSについては詳しくありません。その前提での話しですが、
> windows serverでUPNを用いた場合にシステム上のユーザーフォルダ名に「@」以降が残ることが普通のことなのか?
UPNは前提としてActive Directoryを構成していないとWindowsでは使えません。AWS DirectoryがUPN構成になっているのか、Entra ID Connect等でAWS Directoryに統合されているのかはわかりませんが、その状態であっても、普通はユーザープロファイルのフォルダー名がUPNにはならないと思います。UPNについては、Windows内部で名前変換が行われ、適切なプロファイル名(usernameないしはusername.DOMAINなど)が利用されます。
> インストール先をUserフォルダから変えれば対処療法な対応はできるが、他に問題は起きないか?
Windows内部では、ユーザープロファイルフォルダー名は %USERPROFILE%という環境変数で管理されており、%USERPROFILE%を参照するアプリケーションなら表向きの問題は起きないと思います。Windows内部のアプリケーションなら、大丈夫でしょう。問題はサードパーティのアプリケーションで、これはそのアプリケーションに依存するので、誰にも判断はできません。
> Windows側の設定の問題で解決できるのかを知りたい。
ムリに変えたい場合、以下のレジストリ値を変更することで対応自体はできるでしょう(再ログオンする前にフォルダー名自体も変更が必要)。ですが、基本的にサポート外の対応ですので、お奨めしません。
キー : HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\ProfileList<User SID>\
名前 : ProfileImagePath
タイプ : REG_EXPAND_SZ
値: <パス>
User SIDは以下のコマンドで確認ができます。
whoami /user