Tesztkörnyezet beállítása az R Linuxon való tanításához

Az R egy nyílt forráskódú nyelv, amelyet statisztikai számítástechnikához és grafikus elemekhez használnak. A genetika statisztikai elemzésében használják természetes nyelvi feldolgozásra a pénzügyi adatok elemzéséhez. Az R interaktív parancssori felületet biztosít. Az RStudio egy interaktív fejlesztési környezet (IDE) az R nyelv számára. Az ingyenes verzió kódszerkesztő eszközöket, integrált hibakeresési felületet és csomagfejlesztési eszközöket biztosít.

Ez a cikk kizárólag az RStudio és az R mint építőelemre összpontosít egy olyan osztály számára, amely statisztikai számítástechnikát igényel. A mélytanulás és a Python és a Jupyter Notebooks osztálytípus eltérően beállítja az RStudio-t. Minden cikk bemutatja, hogyan használható a linuxos Adattudomány virtuális gép (Ubuntu) piactéri rendszerkép, amely számos, az adatelemzéshez kapcsolódó eszközzel rendelkezik, például az RStudio előtelepítve.

A tesztkörnyezet beállításához azure-előfizetésre és tesztkörnyezeti csomagra van szüksége az első lépésekhez. Ha még nincs Azure-előfizetése, kezdés előtt hozzon létre egy ingyenes fiókot.

Egyes osztályok megkövetelik, hogy a fájlok, például a nagy adatfájlok külsőleg legyenek tárolva.

Ha úgy dönt, hogy megosztott R-kiszolgálót használ a diákok számára, a kiszolgálót a tesztkörnyezet létrehozása előtt be kell állítani. A megosztott kiszolgálók beállításával kapcsolatos további információkért tekintse meg , hogyan hozhat létre tesztkörnyezetet megosztott erőforrással az Azure Lab Servicesben. Az RStudio Server létrehozásához szükséges utasításokért lásd : RStudio Server for Debian &Ubuntu és Accessing RStudio Server Open-Source.

Ha külső erőforrásokat szeretne használni, a tesztkörnyezeti csomaggal csatlakoznia kell a virtuális hálózathoz az Azure Lab Servicesben .

Miután megkapta az Azure-előfizetést, létrehozhat egy új tesztkörnyezeti csomagot az Azure Lab Servicesben. Az új tesztkörnyezeti terv létrehozásával kapcsolatos további információkért tekintse meg a tesztkörnyezeti terv beállításáról szóló oktatóanyagot. Használhat egy meglévő tesztkörnyezeti tervet is.

Engedélyezze a tesztkörnyezet tervbeállításait az alábbi táblázatban leírtak szerint. További információ az Azure Marketplace-rendszerképek engedélyezéséről: A tesztkörnyezet létrehozói számára elérhető Azure Marketplace-rendszerképek megadása.

A labor létrehozásával kapcsolatos útmutatásért lásd : Oktatóanyag: Tesztkörnyezet beállítása. A tesztkörnyezet létrehozásakor használja az alábbi beállításokat.

Ha inkább RDP-t használ, SSH-val kell csatlakoznia a Linux rendszerű virtuális géphez, és telepítenie kell az RDP- és GUI-csomagokat a tesztkörnyezet közzététele előtt. Ezután a diákok később RDP használatával csatlakozhatnak a Linux rendszerű virtuális géphez. További információ: Grafikus távoli asztal engedélyezése Linux rendszerű virtuális gépekhez.

A sablongép létrehozása után indítsa el a gépet, és csatlakozzon hozzá az R, az RStudio Desktop és opcionálisan az X2Go Server telepítéséhez.

Először frissítsük az apt-t, és frissítsük a meglévő csomagokat a gépen.

sudo apt update 
sudo apt upgrade

Ha az X2Go használata mellett dönt, telepítse a kiszolgálót. Először csatlakoznia kell egy Linux-tesztkörnyezeti virtuális géphez SSH használatával a kiszolgáló összetevőjének telepítéséhez. Ha ez befejeződött, a többi beállítás az X2Go-ügyféllel való csatlakozás után is elvégezhető.

Az X2Go alapértelmezett telepítése nem kompatibilis az RStudio-val. A probléma megoldásához frissítse az x2goagent beállításfájlt.

1. Fájl szerkesztése /etc/x2go/x2goagent.options . Ne felejtse el sudoként szerkeszteni a fájlt.

   1. Bontsa ki a következőt tartalmazó sort: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"
   2. Megjegyzés a következőt tartalmazó sorhoz: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"

2. Indítsa újra az X2Go-kiszolgálót, és használja az új beállításokat.

   sudo systemctl restart x2goserver
   

Másik lehetőségként létrehozhatja a szükséges kódtárakat az X2Go GLX kerülő megoldásában található utasításokat követve.

Az R-t többféleképpen is telepítheti a virtuális gépre. Az R-t az Átfogó R Archive Network (CRAN) adattárból telepítheti. Az R legújabb verzióit biztosítja. Miután hozzáadta ezt az adattárat a gépünkhöz, telepítheti az R-t és sok más kapcsolódó csomagot.

Hozzá kell adnunk a CRAN-adattárat. A parancsok az Ubuntu Packages rövid útmutatói alapján módosulnak.

#download helper packages
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# download and add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
sudo wget -q "https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc" -O /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
#add repository
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/"

Most már telepítheti az R-t a következő parancs futtatásával:

sudo apt install r-base

Most, hogy helyileg telepítettük az R-t, telepítheti az RStudio IDE-t. Az RStudio Desktop ingyenes verzióját telepítjük. Az összes elérhető verzióról lásd az RStudio letöltéseit.

1. Importálja az RStudio kódaláíró kulcsát .

   sudo gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com  --recv-keys 3F32EE77E331692F
   

2. Töltse le az R Studio for Ubuntu debian linuxos csomagfájlját (.deb). A fájl formátuma rstudio-{version}-amd64.deb. Példa:

   export rstudiover="1.4.1717"
   wget --quiet -O rstudio.deb https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-$rstudiover-amd64.deb
   

3. Az RStudio telepítése a gdebi használatával. Ügyeljen arra, hogy a fájl elérési útján jelezze, hogy egy helyi fájlt telepít.

   sudo apt install gdebi-core 
   echo "y" | gdebi rstudio.deb –quiet
   

Itt az ideje, hogy telepítse a kívánt CRAN-csomagokat . Először adja hozzá az aktuális R 4.0-s vagy újabb "c2d4u" adattárat.

sudo add-apt-repository ppa:c2d4u.team/c2d4u4.0+

Használja a install.packages(“package name”) parancsot egy R interaktív munkamenetben a hasznos R-csomagok rövid listájában látható módon. Alternatív megoldásként használja az Eszközök –> Csomagok telepítése menüelemet az RStudio-ban.

Ha segítségre van szüksége a csomagok megkereséséhez, tekintse meg a csomagok listáját feladat vagy betűrend szerint.

A sablonkép mostantól közzétehető a laborban. További információ: A sablon virtuális gépének közzététele.

A tesztkörnyezet beállításakor tekintse meg a következő cikkeket:

• Kvóta beállítása
• Ütemezés beállítása
• Felhasználók hozzáadása
• E-mail regisztrációs hivatkozások diákoknak