Megosztás a következőn keresztül:

FHIR-adatok exportálása

  • Cikk

Az FHIR® szolgáltatás tömeges $export műveletének használatával exportálhatja az adatokat a HL7 FHIR tömeges adathozzáférési specifikációban leírtak szerint.

A használat $exportelőtt győződjön meg arról, hogy az FHIR szolgáltatás konfigurálva van egy Azure Data Lake Storage Gen2-fiókhoz való csatlakozásra. Az exportálási beállítások konfigurálásához és a Data Lake Storage Gen2-fiók létrehozásához tekintse meg az exportálási beállítások konfigurálását.

A végpont meghívása $export

Miután beállította az FHIR szolgáltatást a Data Lake Storage Gen2-fiókhoz való csatlakozáshoz, meghívhatja a $export végpontot, és az FHIR szolgáltatás adatokat exportál egy Azure Blob Storage-tárolóba a tárfiókon belül. Az alábbi példakérés az összes erőforrást exportálja egy tárolóba, amely név ({{containerName}}) alapján van megadva. Megjegyzés: Ha meg szeretné adni {{containerName}} a kérést, előbb létre kell hoznia a tárolót a Data Lake Storage Gen2-fiókban.

GET {{fhirurl}}/$export?_container={{containerName}}

Ha nem ad meg tárolónevet a kérelemben (például meghívással GET {{fhirurl}}/$export), a rendszer létrehoz egy új, automatikusan létrehozott tárolót az exportált adatokhoz.

Az FHIR $export API specifikációval kapcsolatos általános információkért tekintse meg a HL7 FHIR Export Request Flow dokumentációját .

Az FHIR szolgáltatás a következő szinteken támogatott $export :

  • Rendszer: GET {{fhirurl}}/$export
  • Beteg: GET {{fhirurl}}/Patient/$export
  • Betegcsoport*: GET {{fhirurl}}/Group/[ID]/$export
    *Az FHIR szolgáltatás exportálja az összes hivatkozott erőforrást, de magát a csoporterőforrást nem exportálja.

Az adatok exportálása több fájlban történik. Minden fájl csak egy típusú erőforrásokat tartalmaz. Az egyes fájlokban lévő erőforrások száma. Az erőforrások maximális száma a rendszerteljesítményen alapul. Jelenleg 5000-ra van állítva, de változhat. Ennek az az eredménye, hogy egy erőforrástípushoz több fájlt is lekérhet. A fájlnevek a formátumot <resourceName>-<number>-<number>.ndjsonkövetik. A fájlok sorrendje nem garantáltan megfelel az adatbázis erőforrásainak sorrendjének.

Feljegyzés

Patient/$export és Group/[ID]/$export exportálhat ismétlődő erőforrásokat, ha egy erőforrás több csoportban vagy egynél több erőforrásból álló rekeszben található.

Az exportált fájlok tárfiókban való jelenlétének ellenőrzése mellett a $export művelet állapotát az FHIR szolgáltatás válaszában Content-Location visszaadott fejléc URL-címén keresztül is ellenőrizheti. További információkért tekintse meg a HL7 tömeges adatállapot-kérésének dokumentációját.

FHIR-adatok exportálása a Data Lake Storage Gen2-be

Az FHIR szolgáltatás jelenleg a Következő korlátozásokkal támogatja $export a Data Lake Storage Gen2-fiókokat:

  • A Data Lake Storage Gen2 hierarchikus névtereket biztosít, de a tárolón belüli adott alkönyvtárakra nincs mód a műveletek megcélzására$export. Az FHIR szolgáltatás csak az exportálás céltárolójának megadására képes, ahol minden $export művelethez létrejön egy új mappa.
  • Miután egy $export művelet befejeződött, és az összes adat egy mappába lett írva, az FHIR szolgáltatás nem exportál semmit a mappába. Az ugyanazon tárolóba irányuló későbbi exportálások egy újonnan létrehozott mappában lesznek.

Ha tűzfal mögötti tárfiókba szeretne adatokat exportálni, tekintse meg az exportálási beállítások konfigurálását.

Beállítások és paraméterek

Fejlécek

Két szükséges fejlécparamétert kell beállítani a feladatokhoz $export . Az értékek az aktuális HL7 $export specifikációnak megfelelően vannak beállítva.

  • Elfogadás: application/fhir+json
  • Előnyben részesítve: respond-async

Paraméterek lekérdezése

Az FHIR szolgáltatás az alábbi lekérdezési paramétereket támogatja az exportált adatok szűréséhez. Ezek a paraméterek nem kötelezőek.

Lekérdezési paraméter Az FHIR specifikáció határozza meg? Leírás
_outputFormat Igen Jelenleg három értéket támogat az FHIR-specifikációhoz való igazításhoz: application/fhir+ndjson, application/ndjsonvagy csak ndjson. Minden exportálási feladat fájlokat ad vissza .ndjson , és az átadott érték nincs hatással a kód viselkedésére.
_since Igen Csak a megadott időpont óta módosított erőforrások exportálását teszi lehetővé.
_type Igen Itt adhatja meg, hogy milyen típusú erőforrásokat kell tartalmaznia. Például _type=Patient csak a betegerőforrásokat adja vissza.
_typeFilter Igen A részletesebb szűrés igényléséhez a _typeFilter paraméterrel együtt használhatja._type A paraméter értéke az _typeFilter FHIR-lekérdezések vesszővel tagolt listája, amely tovább korlátozza az eredményeket.
_container Nem Megadja annak a tárolónak a nevét a konfigurált tárfiókban, ahol az adatokat exportálni kell. Ha meg van adva egy tároló, az adatok az adott tárolóban lévő mappába lesznek exportálva. Ha a tároló nincs megadva, az adatokat egy automatikusan létrehozott névvel rendelkező új tárolóba exportálja a rendszer.
_till Nem Lehetővé teszi a megadott időpontig módosított erőforrások exportálását. Ez a paraméter csak rendszerszintű exportálás esetén alkalmazható. Ebben az esetben, ha az előzményverziókat nem tiltották le vagy törölték, az exportálás valódi pillanatkép-nézetet garantál.
includeAssociatedData Nem Lehetővé teszi az előzmények és a helyreállíthatóan törölt erőforrások exportálását. Ez a szűrő nem működik a "_typeFilter" lekérdezési paraméterrel. Adjon meg értéket "_history" értékként az előzmények/nem legújabb verziójú erőforrások exportálásához. A helyreállíthatóan törölt erőforrások exportálásához adjon meg értéket "_deleted" értékként.

Feljegyzés

Csak az FHIR szolgáltatással azonos előfizetésben lévő tárfiókok regisztrálhatók célként a műveletekhez $export .

Hibaelhárítás

Az alábbi információk segíthetnek megoldani az FHIR-adatok exportálásával kapcsolatos problémákat.

Rossz állapotban elakadt feladatok

Bizonyos helyzetekben előfordulhat, hogy egy feladat rossz állapotban ragad, miközben az FHIR szolgáltatás adatokat próbál exportálni. Ez különösen akkor fordulhat elő, ha a Data Lake Storage Gen2-fiók engedélyei nincsenek megfelelően beállítva.

A művelet állapotának $export ellenőrzéséhez nyissa meg a tárfiók tárböngészőjét, és ellenőrizze, hogy vannak-e .ndjson fájlok az exportálási tárolóban. Ha a fájlok nincsenek jelen, és nem futnak más $export feladatok, lehetséges, hogy az aktuális feladat rossz állapotban van. Ebben az esetben a feladat megszakításához $export küldjön egy DELETE kérést a Content-Location fejlécben megadott URL-címre a kérés megszakításához

Feljegyzés

Az FHIR szolgáltatásban a művelet rossz állapotban való alapjáratának $export alapértelmezett ideje 10 perc, mielőtt a szolgáltatás leállítja a műveletet, és átáll egy új feladatra.

Következő lépések

Ebben a cikkben megismerhette az FHIR-erőforrások exportálását a $export művelet használatával. További információ az exportálás egyéb beállításainak beállításáról és használatáról:

Azonosított adatok exportálása

Adatok másolása az FHIR szolgáltatásból az Azure Synapse Analyticsbe

Feljegyzés

Az FHIR® a HL7 bejegyzett védjegye, amelyet a HL7 engedélyével használnak.